Folding@Home

[teo64x]

Πριν ξεκινήσω, να πω ότι δε μπορούσα να αποφασίσω αν αυτό το thread έπρεπε να μπει στο Software & Hardware, στο Internet, στο Acro Club, στο Εθελοντισμός, στο Αληθινά Συναισθήματα ή όπου αλλού ταιριάζει. Τελικά κατέληξα εδώ.

Τί είναι τα distributed computing projects
Ένα project distributed computing είναι ένα project που επιτρέπει το συνδυασμό της επεξεργαστικής ισχύος χιλιάδων (ή και εκατομμυρίων) υπολογιστών που συμμετέχουν σε αυτό και οι οποίοι επικοινωνουν μέσω διαδικτύου για να ανταλλάξουν τα δεδομένα που έχουν επεξεργαστεί. Τέτοια projects στοχεύουν στη διεξαγωγή ερευνών που δε θα μπορούσαν να εκτελεστούν από έναν απλό υπολογιστή ή από έναν υπερυπολογιστή, αλλά από έναν μεγαλύτερο αριθμό υπολογιστών που συνεργάζονται. Ένα παράδειγμα τέτοιου project είναι το SETI@Home (Search for Extra Terrestial Intelligence), που ψάχνει δείγματα εξωγήινης ζωής μέσω ανάλυσης διαφόρων σημάτων που έρχονται από το διάστημα. Ένα άλλο είναι το Folding@Home.

Με τί ασχολείται το Folding@Home
Το Folding@Home είναι ένα distributed computing project που μελετά τη συμπεριφορά και τον πολλαπλασιασμό διαφόρων πρωτεϊνών. Λάθη στον πολλαπλασιασμό αυτό μπορούν να οδηγήσουν σε διάφορες ασθένειες, για τις οποίες ελπίζεται να βρεθεί κάποια αποτελεσματική θεραπεία, με βάση τα στοιχεία που θα προκύψουν από το F@H. Παραδείγματα είναι το Αλτσχάιμερ, η νόσος των τρελών αγελάδων, το Πάρκινσον, διάφορες μορφές καρκίνου και άλλα.

Γιατί να λάβει κανείς μέρος
Υπάρχουν, πιστεύω, αρκετοί λόγοι για να λάβει κανείς μέρος. Πρώτον, γιατί οποιοσδήποτε διαθέτει έναν υπολογιστή μπορεί να βοηθήσει την ιατρική και να συμβάλει στην καταπολέμηση σοβαρών ασθενειών και παθήσεων. Δεύτερον, γιατί χρησιμοποιεί για κάποιο ουσιαστικό σκοπό την επεξεργαστική ισχύ που "πάει χαμένη" όταν κάνουμε λιγότερο απαιτητικές εργασίες στον υπολογιστή (όπως όταν γράφουμε ένα κείμενο, όταν διαβάζουμε τα νέα στην Άκρο ή όταν ...λείπουμε). Τρίτον, γιατί αν το δείτε με καλό μάτι, μπορεί να έχει και πλάκα με το συναγωνισμό μεταξύ των διαφόρων μελών και ομάδων στις κατατάξεις του project, σαν να παίζει κανείς ένα παιχνίδι.

Πώς μπορεί κανείς να λάβει μέρος
Για να λάβει κανείς μέρος στο Folding@Home, αρκεί να εγκαταστήσει ένα πρόγραμμα στον υπολογιστή του, το οποίο μπορεί είτε να τρέχει αυτόματα στην εκκίνηση, είτε χειροκίνητα. Το πρόγραμμα αυτό είναι ένα απλό client που αναλαμβάνει από το server μια εργασία (μια πρωτεΐνη προς ανάλυση), τη φέρνει εις πέρας μέσα σε λίγες μέρες και όταν την ολοκληρώσει, στέλνει τα αποτελέσματα στο server, κερδίζοντας ένα WU (Work Unit) και συνεχίζει αναλαμβάνοντας μια νέα εργασία. Μπορεί κανείς να συμμετάσχει είτε ανώνυμα είτε με ένα username της επιλογής του, ώστε να μπορεί καταγράφει έτσι πόσο έχει συνεισφέρει στο project. Μάλιστα μπορεί να συμμετάσχει σε μία ομάδα και με τη συνεισφορά του να προσπαθήσει να την ανεβάσει στην κατάταξή της.
Εκτός από ...φυσιολογικούς ανθρώπους, στο Folding@Home συμμετέχουν και εταιρείες όπως η Google, η Dell, η Apple, η Intel, η ATi και η Sony. Εκτός των CPU, μπορεί κανείς να χρησιμοποιήσει και την ισχύ του επεξεργαστή της κάρτας γραφικών του (GPU) ή ακόμα και το PS3(!) του για να συμμετάσχει στον project.

Στο θέμα τώρα
Σήμερα που ξαναθυμήθηκα αυτό το project και ξεκίνησα ξανά να ...foldάρω, όπως λένε οι Έλληνες "καμένοι" του F@H, πήρα την πρωτοβουλία να δημιουργήσω μια ομάδα ώστε να μπουν όσα μέλη της Acrobase ενδιαφέρονται για το project (αν δεν είναι σε άλλη ομάδα βέβαια).
Η διαδικασία είναι απλή, αλλά καλό είναι να τη διαβάσετε ολόκληρη πριν ξεκινήσετε:

1. Κατεβάζετε ένα client από εδώ http://folding.stanford.edu/English/Download αναλόγως του τί λειτουργικό έχετε και αν θα χρησιμοποιήσετε τη CPU, τη GPU ή το ...PS3 σας. Το πιθανότερο είναι πως θα θέλετε να χρησιμοποιήσετε το Windows 2000/XP/Vista Graphical client και γι' αυτό θα περιγράψω τη ρύθμιση αυτού. Αν δε σας αρέσουν τα γραφικά ή αν παίζετε πολλά παιχνίδια στο PC, προτιμήστε το Windows NT/2000/XP/Vista text-only console (with built-in Windows-service-install option), γιατί το Graphical client χρησιμοποιεί τις βιβλιοθήκες OpenGL και θα πρέπει να το κλείνετε όσο παίζετε κάποιο video game.
2. Εγκατασήστε το graphic client που κατεβάσατε (αν κατεβάσατε το text-only client πιθανότατα δε χρειάζεται εγκατάσταση - τουλάχιστον δε χρειαζόταν την τελευταία φορά που το χρησιμοποίησα).
3. Μόλις τελειώσει η εγκατάσταση, δεξί κλικ στο κόκκινο γρανάζι στο system tray (κάτω δεξιά) και Configure.
4. Στην καρτέλα User, ως User name μπορείτε να βάλετε ό,τι θέλετε (θα γίνει register από μόνο του, όταν αρχίσετε να το χρησιμοποιείτε) και ως Team number τον αριθμό μιας ομάδας (ή 0 αν δε θέλετε να είστε σε ομάδα). Για να μπείτε στην ομάδα που έφτιαξα για εμάς εδώ (ως Acrobase), ο αριθμός είναι 93300
5. Στην καρτέλα Advanced μπορείτε να κάνετε ρυθμίσεις σχετικές με τις επιδόσεις του client (και κατ' επέκταση του υπολογιστή σας). Προτείνω για αρχή να κατεβάσετε το CPU Usage Percent στη δεύτερη έως τέταρτη γραμμή ώστε να μην καθυστερεί τον υπολογιστή σας και αν δείτε πως η επεξεργαστική ισχύς σας φτάνει, να το ανεβάσετε περισσότερο στο μέλλον.
6. Πατήστε ΟΚ όταν τελείωσετε (το πρόγραμμα θα παραμείνει στο system tray).
7. Πριν τελειώσετε, καλό (αν όχι απαραίτητο) είναι να πάτε στο Έναρξη > Προγράμματα > Εκκίνηση και να αφαιρέσετε τη συντόμευση του Folding@Home από εκεί (με δεξί κλικ και Διαγραφή). Αυτό το λέω γιατί υπάρχει μια μικρή πιθανότητα σε κάποια συστήματα να αντιμετωπίσει προβλήματα το client και να εμφανίσει μπλε οθόνες. Έτσι, αν υπάρχει κάποιο το πρόβλημα και το client δεν είναι στην εκκίνηση, μπορείτε απλά να μην το ξανατρέξετε.

Αυτά τα ...λίγα. Αν έχετε διάθεση, μπορείτε να πειραματιστείτε με τα clients και το hardware σας για παραπάνω επιδόσεις. Μόνο ποτέ μην τρέχετε δύο clients στο ίδιο σύστημα ταυτόχρονα, γιατί θα αλληλοσκοτωθούνε.

Για να δούμε αν θα έχει ανταπόκριση...

Homepage: http://folding.stanford.edu/
Clients: http://folding.stanford.edu/English/Download
FAQ: http://folding.stanford.edu/English/FAQ

Team 93300 statistics: http://vspx27.stanford.edu/cgi-bin/m...&teamnum=93300

[teo64x]

...Και μη βαριέστε, ε;

EDIT: Θα βοηθούσε όσοι διαβάσατε το thread να γράψετε τί σκέφτεστε, αν ενδιαφέρεστε να συμμετάσχετε, αν το βρίσκετε βαρετό ή αν δε θέλετε να σπαταλάτε τη CPU σας...

[Xenios]

Ακούγεται καλό και θα μπορούσαμε να βοηθήσουμε.

Θέλω απλά να έχω την διαβεβαίωση ειδικά όσοι από εμάς δεν έχουν και την τεράστια ισχή της CPU τους, αν μπορούν να ορίσουν το μέγεθος απασχόλησης του επεξεργαστή.

Επίσης να ξέρω πόσο bandwith θα μου πάρει από την σύνδεση μου.

Επίσης να ρωτήσω αν οι εφαρμογές τρέχουν και σε άλλα λειτουργικά εκτός από ΜS windows. Πχ θα μπορούσα να το κάνω στον linux debian server μου;

[Archmage]

Μπορείς να ορίσεις τόσο το priority όσο και το ποσοστό απασχόλησης του επεξεργαστή.

Από δίκτυο δε φαίνεται να θέλει κάτι σημαντικό και σαφώς δεν καταναλώνει bandwidth όταν τρέχει, μόνο όταν φορτώνει work units.

Τρέχει σε pc, unix, mac, ps3 (να κάνει και κάτι το cell processor..)

Αυτό που δεν έγραψε ο Teo είναι ότι πρόκειται για έργο του Ιατρικού Κέντρου του Πανεπιστημίου του Stanford, εδώ οι σχετικές επιστημονικές δημοσιεύσεις.

[teo64x]

Το CPU Usage Percent που ανέφερα στο βήμα 5 καθορίζει πόσο θα χρησιμοποείται ο επεξεργαστής. Κι όπως είπε ο Archmage, το client τρέχει σε Linux και σε πολλές άλλες πλατφόρμες (υπάρχουν πολλά διαφορετικά clients στο λινκ που έδωσα).

Το bandwidth χρειάζεται μόνο τη στιγμή ανταλλαγής δεδομένων (λίγα λεπτά κάθε 2-3 μέρες), τις υπόλοιπες ώρες δε χρειάζεται καν να είμαστε συνδεδεμένοι στο Ίντερνετ. Τo graphical client έχει μάλιστα μια επιλογή η οποία ζητάει άδεια πριν τη χρήση του δικτύου, πράγμα πολύ χρήσιμο αν δεν έχουμε μόνιμη σύνδεση ή αν δε θέλουμε να χρησιμοποιείται αυτόματα το bandwidth.

Και τέλος, ναι, είναι πρόγραμμα του Πανεπιστημίου του Stanford (όπως φαίνεται κι απ' το URL), αλλά ξέχασα να το αναφέρω στο πρώτο post

Ελπίζω να δούμε μερικές συμμετοχές από την Άκρο... (Και ελπίζω να μπει κανείς και στην team που δημιούργησα... )

[fifi]

...εγω το εκανα...εχω κοκκινο γραναζακι στο πισι μου....

[Diamond]

Γιατί όμως βγάζει active cpus 0?

[teo64x]

Αρχική Δημοσίευση από Diamond Γιατί όμως βγάζει active cpus 0?

Γιατί κανείς μας δεν παρέδωσε δουλειά ακόμα... Εγώ σήμερα (άντε αύριο πρωί-πρωί) υπολογίζω να έχω τελειώσει το πρώτο WU της ομάδας, οπότε θα αυξηθούν τα active cpus στο 2 (λόγω hyper threading)...

[tertios]

Αρχική Δημοσίευση από fifi ...εγω το εκανα...εχω κοκκινο γραναζακι στο πισι μου....

Κι εγω στο πισι νο μου , ρυθμιζοντος τας σχεσεις των ανθρωπων

[Archmage]

Και το δικό μου θα είναι έτοιμο αύριο το πρωί

[Diamond]

Το δικό μου αύριο το βράδυ!
Go 93300 go!

[teo64x]

Μόλις τέλειωσα το πρώτο WU της ομάδας 93300, όπως φαίνεται στα στατιστικά μας.

Φαίνεται πως με το καινούριο σύστημα στατιστικών, η ανανέωση των σελίδων γίνεται σε συγκεκριμένες χρονικές στιγμές, γι' αυτό μην ανησυχήσετε αν δε δείτε αμέσως τα αποτελέσματα που έχετε στείλει. Το πόσα WU έχετε τελειώσει (και στείλει) το βλέπετε άμεσα στο client, με δεξί κλικ > display στο κόκκινο γρανάζι. Από εκεί μπορείτε επίσης να ενημερώνεστε για την περίπτωση που υπάρχει κάποιο πρόβλημα με τη αποστολή (ή υπάρχουν πακέτα που εκκρεμούν).

Ενδεικτικά για τις απαιτήσεις σε bandwidth, η αποστολή του δικού μου WU έκανε λιγότερο από 5 λεπτά, με ανοιχτό BitTorrent client, χωρίς κάποιο πρόβλημα και χωρίς εμφανή καθυστέρηση στη σύνδεση (2048 Down / 256 Up - από σήμερα ).

[Platinum]

Μπράβο που μου το θυμίσατε ρε παιδιά. Το είχα ξαναδέι και το είχα ξεχάσει. Μέχρι το ΣΚ (συζύγου και κόρης επιτρεπόντων) θα το έχω βάλει και εγώ. Τώρα που είμαστε και οργανωμένοι έχιε άλλο ενδιαφέρον...
Να μην ξεχνάμε άλλωστε και την προϋπηρεσία που έχουμε στο S@A (Skisting @ Acro

ΕΡΩΤΗΣΗ: αν κατεβάσω το graphic client και το μετανιώσω μπορώ να το αλλάξω σε text (και το αντίστροφο);

[teo64x]

Αρχική Δημοσίευση από Platinum αν κατεβάσω το graphic client και το μετανιώσω μπορώ να το αλλάξω σε text (και το αντίστροφο);

Βεβαίως, μπορείς ανά πάσα στιγμή να χρησιμοποιείς όποιο θέλεις, μιας και διαβάζουν από κοινού τόσο τις ρυθμίσεις, όσο και το τρέχον WU (δηλαδή το ένα συνεχίζει τη δουλειά του άλλου κανονικά). Ο μόνος περιορισμός είναι να μην τρέχουν ταυτόχρονα.